1999年12月5日，湖州市第一所本科院校——湖州师范学院成立大会隆重举行，标志着肇始于1958年的湖州高等教育事业进入了一个崭新的发展时期。

湖州素有“文化之邦”的美誉，自古教育发达，具有尊师重教的传统，曾涌现了大量为社会文化做出历史性贡献、道德文章为后世表率的教育家。湖州师范学院的办学历史，最早可追溯至1916年的钱塘道第三联合县立师范讲习所。

中华人民共和国成立后，湖州教育事业进入新的发展阶段。1958年，为了适应农业建设的需要，当时的吴兴县以中心小学“戴帽子”加办初中班的形式，10天内办起了92所农业中学，导致初中师资需求量剧增。为此，嘉兴地委会同湖州市(县级市)、吴兴县，以湖州师范学校为基础，创办湖州师范专科学校。

1958年4月20日，湖州师范专科学校正式成立。校址位于原湖郡女中(今为湖州第一医院)，校园规模小，人称是一所“有校无园、有操无场”的袖珍大学。首届学生86人，分为2个班。9月，学校纳入浙江省统一招生，设立文史科、数理科、生化科3个专业。此后，学校招生规模不断扩大，还先后建设了图书馆、实验室等设施。

1960年秋，贯彻中央“调整、巩固、充实、提高”的方针，经省政府批准，湖州师范专科学校更名为嘉兴师范学院，学校招生规模逐步减少。“文化大革命”期间，学校撤销。1977年，中央决定恢复高考，地委开始筹划恢复高等教育。1978年，浙江师范学院湖州分校成立，开设数学、物理、化学、体育4个专业，学制三年，面向全省招生。当年5月，首批录取新生231人。次年1月，经国务院批准，学校正式改名为“嘉兴师范专科学校”。1983年，嘉兴地区撤销、湖州市委成立后，学校最终定名为“湖州师范专科学校”(简称“湖州师专”)。

新的湖州师专成立后，着力加大建设力度，探索教学改革，先后改革学生教育实习制度、职称评审制度等，提高办学质量，招生规模也不断扩大。与此同时，湖州师专也遭遇了成长的烦恼。由于学校校园面积只有38亩，基础设施有很大局限，先后两次受到教育部的警告。为此，1995年8月，经省政府批准，在市委、市政府的大力支持下，湖州师专开始兴建位于城东学士路的新校区。

1997年7月1日，湖州师专顺利搬迁至占地269亩、建筑面积5.6万平方米的现代化崭新校园，这为学校的跨越式发展奠定了坚实的基础。至1999年，湖州师专共设有中文、政史、外语、数学、物理、化学等本专科专业19个，在校学生2148人，教职工352人。教师中有正高级职称10人、副高级职称53人。

完成校园搬迁，软硬件设施改善，教学质量提升，湖州师专升格为本科教育的条件成熟。1999年3月25日，经教育部批复同意，湖州师范学校、湖州教师进修学院并入湖州师范专科学校，组建湖州师范学院。12月5日，湖州师范学院正式成立。2000年5月，湖州卫生学校又并入，组建湖州师范学院医学院。

湖州师范学院成立后，秉承“加快发展、着力提高”的发展战略，围绕“因地制宜”“体现特色”“服务地方”，实施新的人才战略，加大人才招引、培养力度;加强学科专业建设，实施“重点学科、重点专业、重点课程”三大建设工程;持续探索教学改革，提高人才培养质量，2005年、2017年分别通过教育部本科教学工作水平评估和审核评估。

2006年2月，时任浙江省委书记习近平同志到湖州师范学院视察，作出重要指示，要求加快建设有特色、高水平的区域性大学步伐，朝着“建成在国内有一定影响、一定水平、一定地位的湖州师范大学”的目标迈进。按照此目标要求，湖州师院秉承“明体达用”的校训和“艰苦奋斗、自强不息、包容求新、博雅笃行”的精神来抓发展，坚定办学思路，开拓创新，逐步走出了一条内涵发展、特色发展的路子。

目前，学校占地1560余亩，校舍总面积56.9万平方米，有安定书院/创新创业学院、经济管理学院、马克思主义学院、教师教育学院、体育学院、人文学院、外国语学院、艺术学院、理学院、信息工程学院、工学院、生命科学学院、医学院/护理学院13个二级学院，举办1所独立学院——求真学院，有6所附属医院、2个临床医学院、4所附属学校。全日制在校学生近20000人(其中硕士研究生1049人、独立学院学生7800余人)。

学校学科涵盖教育学、工学、农学、医学、理学、文学、经济学、艺术学、法学、管理学、历史学等11大学科门类，按照“优良师范传统、鲜明应用特色”建设思路，积极扶植和培育服务区域产业发展的学科专业，构建科学合理的学科专业体系。学校拥有54个本科专业、2个一级学科硕士点和4个专业学位硕士点。

学校现有教职工3100余人(含求真学院、直属附属医院)，其中，正高职称321人，副高职称559人，具有博士学位520人。有外国国家科学院院士1人、共享院士6人，长江学者、国家“万人计划”专家、国家教学名师等国家级领军人才8人。

2018年以来，主持国家自然科学基金项目34项、国家哲学社会科学基金项目28项、省部级项目157项(其中省重点研发项目13项);与省内外600余家企事业单位建立了产学研合作关系。

此外，学校积极响应国家“一带一路”倡议，持续推进教育国际化。在阿塞拜疆国立语言大学设立孔子学院，与中国社会科学院等共建跨文化研究中心。积极开展国际合作与交流，先后与20多个国家和港澳台地区的60多所院校和机构开展紧密交流合作。目前，学校拥有来自法国、俄罗斯、乌克兰、哈萨克斯坦等45个国家的近500名国际学生。